دفعاً لمسيرة الجامعة وتحقيقاً لأهدافها المرجوة، وقعت جامعة شندي اتفاقيتي تعاون مع جامعتي الزقازيق والمنصورة وقد شملت الاتفاقيتان عدد من المحاور تمثلت في الآتي

1. تطوير البحث العلمي و إجراء بحوث مشتركة في مختلف المجالات.

2. تبادل الخبرات في مجالات التدريس و البحث العلمي.

3. المشاركة في المؤتمرات واللقاءات العلمية و المناسبات و الاحتفالات التي ينظمها أي من الجانبين.

4. إقامة الدورات التدريبية للتقنيين والفنيين ورفع مستوى العاملين في كل المجالات.

5. تبادل الزيارات وفتح فرص لتدريب الطلاب.

6. دفع البرامج والنشاطات العلمية خاصة في مجال تأليف الكتب و المواد العلمية والمقررات الجامعية والمقالات.

ونشير هنا إلى أن مدة الاتفاقية مع جامعة الزقازيق ثلاث سنوات، أما الاتفاقية مع جامعة المنصورة فخمس سنوات علماً بأن سريان تنفيذ الاتفاقية قد بدأ منذ يناير 2010م.

من جانب آخر فقد قدم الأخ مدير الجامعة بالإنابة تنويراً مفصلاً عن بنود ومحاور الاتفاقيتين للأخوة في مجلس العمداء في اجتماعهم المنعقد بتاريخ 21/01/2010م. وقد أشاد مجلس العمداء بجهود إدارة الجامعة في فتح منافذ وقنوات الاتصال بالعالم العربي للاستفادة من خبرات هذه الجامعات العريقة، كما أكد المجلس على ضرورة البدء في تفعيل هذه الاتفاقيات والتي ستعود بالنفع على الجامعة وبرامجها المختلفة.

وقد شملت زيارة وفد الجامعة المركز القومي للبحوث بالقاهرة وذلك بغرض متابعة المشروعات المشتركة بين الجامعة والمركز حسب الاتفاقية الموقعة بين الجانبين سابقاً.