تضم جامعة شندي 6 مكتبات مختلفة وتعتبر جميعها مكتبات متخصصة عدا المكتبة المركزية والتي تشمل مراجع كليات مجمع التربية.

1- المكتبة المركزية: تبلغ سعتها 512 طالب في مساحة قدرها 2800 متر مربع وتقع داخل مجمع التربية وتشمل مراجع كليات التربية والعلوم والتقانة والاقتصاد والتربية الإسلامية واللغة العربية والإنجليزية والتاريخ والجغرافيا.

2- مكتبة كلية الطب والعلوم الصحية: سعة المكتبة 350 طالب وطالبة ومساحتها 600 متر مربع للطابق الواحد وهي متخصصة في مجال الطب والجراحة والمختبرات الطبية والتمريض العالي والصحة العامة.

3- مكتبة اللغة الإنجليزية: مساحتها 40 متر مربع وتبلغ سعتها 30 طالب وطالبة وهي متخصصة في مجال اللغة الإنجليزية.

4- مكتبة التمريض العالي: تبلغ سعتها 30 طالب وطالبة في مساحة قدرها 16 متر مربع وهي متخصصة في مجال علوم التمريض العالي لطلبة الدبلوم المتوسط.

5- مكتبة كلية القانون: تبلغ سعتها 200 طالب وطالبة في مساحة قدرها 400 متر مربع وتقع داخل مبنى كلية القانون بالمتمة وهي متخصصة في مجال علوم الشريعة والقانون.

6- مكتبة كلية تنمية المجتمع: تبلغ سعتها 50 طاب وطالبة في مساحة قدرها 40 متر مربع وتقع داخل مبنى كلية تنمية المجتمع بطيبة الخواض.

المهام :

1- توفير الكتب والمراجع والدوريات والمكتبة الإليكترونية للطلاب وطلاب الدراسات العليا والبحث العلمي .

2- جمع وتصنيف وحفظ التراث الفكري ونشر قوائمه .

3- التدريب والتأهيل في مجال المكتبات والمعلومات .

4- رسم السياسة العامة لإدارة المكتبات بالكليات والمراكز .

5- وضع اللوائح المنظمة لعمل المكتبات وطريقة استخدامها .

الأقسام :

1- قسم التزويد والدوريات .

2- قسم الفهرسة .

3- قسم الطباعة والتجليد .

4- قسم المكتبة الإليكترونية .

5- قسم المخطوطات .

هذا وقد شهدت مكتبات الجامعة نسبة نمو مقدرة في المراجع والدوريات على النحو التالي:

- تعمل جميع مكتبات الجامعة بنظام الورديات (صباحاً ومساء) وتتكون كل وردية من عدد من ملازمي المكتبة وبرأسها أحد مساعدي أمين المكتبة.

وتعتمد مكتبات الجامعة في تصنيفها على نظام ديوي العشري كما تعتمد عمليات الفهرسة بشقيها والوصفي والموضوعي وتقوم مكتبات الجامعة على نظام الأرفف المفتوحة حيث يتناول الطالب المرجع من الرف مباشرة.

- ينم تزويد مكتبان الجامعة عن طريق الإهداء من الأفراد والمؤسسات وكذلك عن طريق الشراء من المعارض ودور الكتب المختلفة في الداخل والخارج.

الإعارة الخارجية متاحة لأعضاء هيئة التدريس فقط وهنالك خدمات التصوير للطلاب. وقد جرى مؤخراً استخدام الحاسوب في العمليات المكتبة المختلفة وقد استخدمت مكتبة كلية الطب والعلوم الصحية نظام التوثيق الآلي المعرب من قبل منظمة اليونسكو والمعروف ب (Computerize Documentation System Integrated set for Information System) المجموعة المتكاملة لنظام التوثيق الآلي ومن مميزاته يسهل البحث ويوصل للمعلومات المطلوبة في أسرع وقت. كما أنشأت المكتبة المركزية قاعدة بيانات على الحاسب الآلي مستخدمة برنامج (Access).