تتكون إدارة الجامعة من الراعي ورئيس مجلس الجامعة ومدير الجامعة ووكيل الجامعة وأمين الشؤون العلمية وعميد شؤون الطلاب وعمداء الكليات والإدارات المساعدة .
مجلس الجامعة :
وهو السلطة العليا في الجامعة ويختص بوضع السياسات والخطط الرامية لتطوير الجامعة وتجويد أدائها علمياً وتربوياً وإدارياً ومالياً وتحديث طرق عملها وأساليبها مثل إنشاء الكليات والمعاهد ووضع النظم واللوائح للجامعة .
مجلس الأساتذة :
يختص بوضع التنظيم العام للسياسات العلمية والبرامج الدراسية بالجامعة وخطط قبول الطلاب في الدراسات الجامعية ومنح الدرجات العلمية والجوائز والدرجات الفخرية وتشجيع البحوث العلمية .
مدير الجامعة :
هو المسئول العلمي والتنفيذي الأول من أداء الجامعة والعمل على تحقيق أغراضها العلمية والتربوية والإدارية والحفاظ على النظام العام للجامعة .
الوكيل :
هو المسئول لدى المدير عن الأداء المالي والإداري للجامعة ومتابعة تنفيذ وقرارات مجلس الجامعة .
عميد الطلاب :
يكون مسئولاً عن شؤون الطلاب الثقافية والاجتماعية والتربوية ومراعاة النظم والسلوك القويم للطلاب داخل الجامعة وخارجها .
أمين الشؤون العلمية :
يكون مسئولاً عن الأداء العلمي والأكاديمي ومتابعة تنفيذ توصيات وقرارات مجلس الأساتذة .
العلاقات الخارجية :
بالرغم من حداثة إنشاء الجامعة فقد استطاعت تكوين علاقات مميزة مع المؤسسات العلمية المحلية ، الإقليمية والعالمية وكذلك مع المنظمات الدولية . ومن أمثلة ذلك علاقة الجامعة مع جامعات جنوب أفريقيا ، ويلز ، كاردف والجامعات الصينية . وللجامعة علاقات عمل مع منظمات الأمم المتحدة المتخصصة مثل منطمة الصحة العالمية ، اليونسيف ومنظمة الأمم المتحدة للسكان ، كما أن الجامعة عضو في :
أ- اتحاد الجامعات العربية .
ب- اتحاد الجامعات الأفريقية .
ج- جامعات العالم الإسلامي – الآن نائب رئيس المجلس التنفيذي .
د- شبكة الجامعات المتجه نجو المجتمع
